【详细论证】如何从生物学原理和现有科学证据来推理武汉SARI病毒来自武汉P4实验室的人工改造?

【根据新的有关人工合成病毒的研究发现持续更新】

申明:本人非生物专业,仅从生物基本原理和逻辑角度进行分析演绎,可能存在细节错误,请专业人士指正。

1. 背景 - SARS病毒

https://i.imgur.com/BU6pIuo.jpg

结构
病毒只能依赖宿主细胞进行生存繁殖,主要组成物质为核酸和蛋白质。SARI和SARS结构相同。

--SARS病毒的核酸为单链RNA,RNA序列可以遗传至下一代子病毒并且控制了病毒的蛋白质的结构。

--SARS主要的蛋白质见上图。其中Spike glycoprotein简称S蛋白或刺突蛋白,Small envelope glycoprotein简称 E蛋白或包膜蛋白。

感染
E蛋白结构稳定起到外壳和保护RNA的作用,S蛋白可比喻为钥匙,当和宿主细胞膜接触时,如果S蛋白和宿主细胞膜上的受体(锁)匹配时,病毒将进入细胞进行繁殖。注意,S蛋白是传人的关键,只有S蛋白和人体的细胞膜受体匹配,病毒才能入侵细胞。

2. SARS, SARI, 舟山蝙蝠病毒(下文简称ZSBAT) 三者的关系与比较
以下数据和图片(pic.4...)来自 (https://s3-ap-northeast-1.amazonaws.com/news.guo.offload.media/wp-content/uploads/2020/01/25133703/Brief-summary-of-evidence-of-lab-finish.pdf)[1],文档中的数据来自于公共基因库和常用序列比对工具以及公开文献,读者可自行验证。

关于ZSBAT

以南京軍區疾病預防控制中心(注:對外稱南京軍區軍事醫學研究所)為主的學者,於201720182019年先後發表中英文論文,宣布在舟山蝙蝠身上發現一種新的冠狀病毒。
這意味著舟山蝙蝠病毒僅為中共軍方的實驗室所有。這些論文闡明,舟山蝙蝠病毒具有潛在的跨物種傳播能力,包括傳人的能力。
由南京軍區提供的某些舟山蝙蝠病毒菌株的全部基因組序列,發布在美國國立衛生院(NIH)的基因庫(Genbank)中(編號MG772844至MG772934)。(pic 4-5)


关于SARI
2020年1月11日,中國疾病預防控制中心(CDC)發布了2019新型冠狀病毒的完整基因組序列,並於12日上傳到NIH的基因庫(編號MN908947.1)。14日,CDC未做通知而替換了該序列(編號MN908947.2)。17日,第二個版本又不知何故被替換為第三個版本(編號MN908947.3)。(pic 6-7)



SARI VS ZSBAT 核酸序列的 相似度/同源性
專家利用NIH提供的序列比對工具BLAST,對 SARI -- MN908947.2和MN908947.3完整基因組進行比對,結果顯示,舟山蝙蝠病毒是已知冠狀病毒中與新型冠狀病毒最為接近的病毒(和ZSBAT -- MG772933 .1和MG772934 .1樣本比對出的序列同源性分別為89.12%和88.65%,pic 8下图)。

https://pbs.twimg.com/media/EOkl-3vX0AAMhNi?format=jpg&name=orig



https://i.imgur.com/ndeqLrG.jpg

對病毒系統發生樹的分析表明,舟山蝙蝠病毒是2019新型冠狀病毒的「最近親」(https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov,pic 9)。


SARI VS ZSBAT 蛋白质结构的 相似度/同源性
就最關鍵的蛋白質和片段,專家對2019新型冠狀病毒和基因庫中所有已知冠狀病毒進行了進一步的序列比對,結果仍然顯示新型冠狀病毒與舟山蝙蝠病毒具有最為顯著的同源性(相似度)。

• 刺突蛋白(spike protein,即S蛋白),與兩株舟山蝙蝠病毒菌株(MG772934.1和MG772933.1)的同源性分別為80.32%和81.00%(pic 10-12)。

• 核衣殼磷酸蛋白(Nucleocapsid Protein,簡稱NP),同源性為94.03%(pic 13-15)。

• 包膜蛋白(Envelope protein,即E蛋白),同源性為100%(pic 16-18)。

• ORF8片段(MG772933.1),同源性為94.21%(pic 19-20)。

• 膜糖蛋白(Membrane glycoprotein),同源性為98.65%(pic 21-22,MG77234.1)。

• RdRp聚合酶(或稱RNA複製酶)基因,同源性為95.75%(pic  23-24)。

数据解读
a. 南京軍方2018年發表的英文論文 [2] 所述,對不同ORF的同源性分析顯示,蝙蝠冠狀病毒中的ORF8片段顯示出最低的同源性,與它的最近親只有60%的同源性(與2019新型冠狀病毒比對,則為94.21%,pic 25)。

b. 比對RdRp聚合酶(RdRp)基因的序列,採自世界各地的蝙蝠冠狀病毒樣本,彼此間有80%~90%的同源性,其與從人或靈貓身上提取的SARS病毒有87%~92%的同源性(與2019新型冠狀病毒比對,則為95.75%)。

c. E蛋白为外壳,结构较为稳定。 S蛋白作为钥匙突变性较强。跨物種的2019新型冠狀病毒和舟山蝙蝠冠狀病毒,經過自然演化而保持100%相同的包膜蛋白,其可能性幾乎為零。因为RNA为因,蛋白质为果,两个同样的RNA序列改变其中某个碱基就能导致翻译生成的蛋白质结构发生变化。

d. 此外,運用另一種工具Clustal Omega(註:歐洲生物信息研究所開發的「在線多序列比對排列工具」)來證實,結果表明,一株舟山蝙蝠冠狀病毒(MG772933.1)的包膜蛋白與2019新型冠狀病毒的同源性,比它和另一株舟山蝙蝠冠狀病毒(MG772934.1)的同源性更高,達到100%(pic 26)。


SARI VS  SARS 蛋白质结构
1月21日,關於2019新型冠狀病毒的首篇論文發表在中國科學院一本期刊上(《中國科學:生命科學》,[3]),作者來自北京藥理毒理研究所(屬於軍方)和中國科學院。 值得注意的是,1月23日,另一篇內容相似的論文被上傳到生物學論文預印本服務器BioRxiv,該論文來自武漢病毒研究所的蝙蝠和SARS冠狀病毒著名專家石正麗的團隊[4]。

[3] 論文摘要中強調研究獲得了「令人驚訝」的結果(下图):與SARS冠狀病毒相比,新型冠狀病毒中刺突蛋白的受體結合域(RBD)5個位點的氨基酸殘基(442、472、479、487和491)中,有4個發生了變化(只有491和SARS一樣),但仍維持了原來的3D結構(構象),「非常完美的」支持與人類受體ACE2分子很強的互作。即SARI 与 SARS 有着 极为相似 突变性较强的 开锁 人体细胞膜受体(ACE2)的S蛋白。
這意味著新型冠狀病毒可以與SARS冠狀病毒相同的方式感染人體呼吸道的上皮細胞(pic 27)。

https://i.imgur.com/QLrl608.jpg



《中國科學:生命科學》1月21日刊發的論文截圖。(原文圖27)

武汉病毒所具备 改造冠状病毒使该病毒具有和SARS相似的可以和人体结合的S蛋白 的能力
路德社爆料,武汉病毒所的石正丽与2015年在顶级期刊 《Nature》杂志发表论文[5]. 以下选自该论文摘要
The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) and Middle East respiratory syndrome (MERS)-CoV underscores the threat of cross-species transmission events leading to outbreaks in humans. Here we examine the disease potential of a SARS-like virus, SHC014-CoV, which is currently circulating in Chinese horseshoe bat populations[sup]1[/sup].
Using the SARS-CoV reverse genetics system[sup]2[/sup], we generated and characterized a chimeric virus expressing the spike of bat coronavirus SHC014 in a mouse-adapted SARS-CoV backbone. The results indicate that group 2b viruses encoding the SHC014 spike in a wild-type backbone can efficiently use multiple orthologs of the SARS receptor human angiotensin converting enzyme II (ACE2), replicate efficiently in primary human airway cells and achieve in vitro titers equivalent to epidemic strains of SARS-CoV.
Additionally, in vivo experiments demonstrate replication of the chimeric virus in mouse lung with notable pathogenesis. Evaluation of available SARS-based immune-therapeutic and prophylactic modalities revealed poor efficacy; both monoclonal antibody and vaccine approaches failed to neutralize and protect from infection with CoVs using the novel spike protein. On the basis of these findings, we synthetically re-derived an infectious full-length SHC014 recombinant virus and demonstrate robust viral replication both in vitro and in vivo. Our work suggests a potential risk of SARS-CoV re-emergence from viruses currently circulating in bat populations.

翻译
SARS肺炎和中东呼吸综合征的出现体现了冠状病毒跨物种传人的威胁性。我们研究了一种可以致病的类SARS病毒-- SHC014-CoV, 它目前寄生于于中国的马蹄蝙蝠种群中。
通过对SARS病毒使用逆向工程系统,在白鼠SARS病毒的骨干上嵌入了 由我们生成和定制的可以表达出蝙蝠冠状病毒S蛋白 SHC014的  (2b)病毒. 实验结果意味着使用2b病毒可以在一系列的病毒骨干上编码SHC014-S蛋白, 这可以有效地利用 多种同源的人体的SARS接受器--ACE2,  在人体的主呼吸道细胞中高效地复制繁殖,实现和流行病SARS病毒菌株等价的效果
此外,在活体实验中显示了该嵌入病毒在鼠肺中能复制并导致病状。实验中显示现有的SARS治疗和预防方法都不能高效地抵挡这种S蛋白的传染。基于以上发现,我们综合性地重新合成了具有完整的SHC014蛋白的重组病毒(recombinant virus), 并且在试管和活体实验中显示了该病毒能稳健地恶性繁殖。我们的工作表明了当前寄生在蝙蝠体内的冠状病毒可能造成SARS危机的再次发生。


第2节总结: SARI 与 舟山蝙蝠病毒的遗传物质RNA序列在已收集的病毒库中最为相似,并且主要蛋白质结构极为相似;此外,SARI的S蛋白和SARS的S蛋白结构极为相似,都能打开人体细胞膜;武汉病毒所具备对冠状病毒改造S蛋白 使其具备传染人(开锁人体细胞膜ACE2受体) 的能力。

推论:實驗室製造的新型冠狀病毒,是以舟山蝙蝠冠狀病毒(特別是MG772933.1)為基礎,針對人體ACE2基因,與SARS冠狀病毒中刺突蛋白的受體結合域(RBD)重組而來。



3.分析SARI可能的生成路径
自然生成
A:由舟山蝙蝠病毒自然变异至可以传至人体的SARI
关键步骤:
A-1: ZSBAT  的RNA自然变异,合成了恰好能解锁人体细胞膜的S蛋白,此处概率 P1 = P(RNA 序列发生了突变) * P(突变发生在合成S蛋白的序列位置),考虑到病毒的数量众多, 该事件发生的概率仍然极小。

A-2: A-1 发生后,注意此时该病毒仍然在原宿主(蝙蝠等野生动物)体内,该变异病毒及其后代如果想要稳定存在,根据自然选择原理应该出现有利于其繁殖的环境,假设该变异病毒在原宿主体内仍能繁殖(即使S蛋白已经发生了改变),其作为变异体相较原种群并无优势,此时应该发生事件 A-2,即出现了能够被该病毒感染的新宿主(如人类),该病毒成功入侵新宿主的细胞并大量繁殖。P2 = A-1发生时,正好有 人(或其他ACE2可被该S蛋白解锁的生物) 在原宿主野生动物的身边,且该变异病毒成功入侵了新宿主。
P_A = P1 * P2, 几乎不可能发生

B: 非舟山蝙蝠病毒的冠状病毒自然变异至 SARI
则 相较于A, P_B = P_A * P(该病毒变异至具备和ZSBAT或者SARI相同的病毒骨架(即除S蛋白外其他蛋白结构相似)), 发生概率更是远小于A


人工合成
C. 某境外势力借鉴武汉病毒所的成果,获得ZSBAT后利用S蛋白编辑技术合成了SARI并投放至武汉
可能性存在

D.武汉病毒所出于某种动机 利用自己收集的ZSBAT以及已经具备的S蛋白编辑技术合成了SARI,SARI被释放或泄露。
可能性取决于是否存在动机,若存在,则完全可以发生。

4.结论
SARI来自野生冠状病毒变异几乎不可能发生,极有可能来自对舟山蝙蝠病毒改造其S蛋白使其可以传人, 武汉病毒所具备人工合成SARI的一切条件。



5.后续研究结果持续更新
2020/02/01 印度科学家发现了武汉病毒的基因疑似被插入了编码S蛋白的来源于HIV病毒的基因片段,这种程度的(和HIV的)相似性几乎不可能发生
https://twitter.com/DrEricDing/status/1223318161300299782)
论文:  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1.full.pdf



参考
[1] https://gnews.org/89737/

[2] Hu D, Zhu C, Ai L, He T, Wang Y, Ye F, et al. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerg Microbes Infect. 2018;7(1):154.

[3] Xu X, Chen, P., Wang, J., Feng, J., Zhou, H., Li, X., Zhong, W., and Hao, P. . Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission. Sci China Life Sci. 2020.

[4]Zhou P, Yang X-L, Wang X-G, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin. bioRxiv. 2020:2020.01.22.914952.

[5] https://www.nature.com/articles/nm.3985

[6] https://www.bldaily.net/news/p-448986.html?utm_source=tr.im&utm_medium=t.co&utm_campaign=tr.im%2F1jlJH&utm_content=link_click
外星海底漫遊 寧鳴而死,不默而生
看不懂,不是這方面的人,我就不評價了

一一一一一一一一一一
Kryptexe 边缘科技
那个研究所本来就不安全,2004年时泄漏过SARS,2017年的P4实验室还是中国建筑公司修的,你知道偷工减料有多少。

所以说,重点其实就是,舟山蝙蝠病毒(SL-COV)有S蛋白,nCoV也有?而自然变异出来的可能性极低,所以说很有可能是人工合成?那这个S蛋白是不是只有SL-COV才有呢?其它冠状病毒不可能有吗?如果有了是不是S蛋白也可以有不同的结构?

另外你比较了两个,那SARS和ZSBAT比较呢?

C不太可能,SL-COV是解放军研究的,境外势力怎么可能能拿到。而且主要研究地不是在浙江舟山的一个海洋生物研究所吗?武汉最多只是个转折点。

D倒有可能,毕竟国外一直就怀疑那个病毒研究所和实验室是研究生物武器的地方,几年前以色列情报组织还追踪到过一些被送往该研究所的病毒,其中包括埃博拉,尼杷,刚果出血热,等,全都是致命病毒。是不是自己玩脱了还真说不准
反正我看了路德说的nature那篇文章,如果我是研究院,我是不知道如何根据舟山蝙蝠SARS病毒的基因序列改几个氨基酸就具有感染人的功能的。

按照nature那篇文章的改造方法,只是用某个蝙蝠的SARS病毒(还不是舟山蝙蝠的病毒)的S蛋白的一小段氨基酸替换到了老鼠SARS病毒的S蛋白上。假设我要从舟山SARS病毒的基础上改,我可以不动E蛋白(所以武汉病毒与舟山病毒的E蛋白相同,逻辑合理)。

但是,舟山病毒的S蛋白与武汉病毒的S蛋白只有80%相似,如果我是研究员我是不会对舟山病毒的S蛋白做这么大的改动的,改动这么大新的S蛋白极有可能不表达的,我会按照nature那篇文章一样只改一小段氨基酸,如果只改一小部分氨基酸,舟山病毒与武汉病毒的S蛋白不可能是80%相似性,应该更高。

如果真要说是人工合成,那只有一种可能:武汉病毒的基因是从舟山病毒的基因+某未知SARS病毒的S蛋白基因合成出来。这个某未知SARS病毒的整个S蛋白与武汉病毒的S蛋白必须是极其相似的(>95%),反正现有的基因库里是没有哪个病毒的S蛋白与武汉病毒的S蛋白是极其相似的,那只能是未公布的某未知SARS病毒。现在既然没有什么证据指向有某未知SARS病毒,就都还属于阴谋论。

还是等内部爆料吧
一介书生 ? 真话,比立场重要
本人非专业:
路德社的爆料是目前最有说服力的,脉络简单整理就是:2003年SARS病毒爆发,石正丽及其团队随后多年研究发现了云南蝙蝠为宿主,其后2015年通过改造云南蝙蝠RNA确定了可以人传人这一重大发现!
紧接着,2018年在舟山蝙蝠身上发现新的冠状病毒,并用同样手法改造舟山蝙蝠病毒RNA,发现也可以人传人!
那么问题来了,这次改造的舟山病毒,是不是试验的时候,意外或者故意流传到市民身上?因为目前最新的报道,彼此肺炎最早并不是来自武汉华南野生市场

微博上很多人在呼吁石正丽出面解释,此人至今隐身
记忆湖畔 为了自由,可以践踏人间一切律法
真正的证明恐怕还是需要内部曝料,而且就算证明了又有什么用呢,粉红就算死也不会信的,借口要多少有多,毕竟粉红的逻辑回路已经被彻底玩坏了。

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